Die deutsche Milchwirtschaft wäre von längerfristigen Folgen des MKS-Ausbruchs stärker betroffen als die Fleischbranche, da sie relativ deutlich mehr in Drittländer exportiert. Laut dem Milchindustrie-Verband (MIV) sind Aussagen zur Freiheit von Tierseuchen Bestandteil von vielen Exportzertifikaten. Wenn hier keine Formulierung im Sinne von „kein Auftreten von MKS in Deutschland“ enthalten sei, können die zuständigen Behörden kurzfristig keine Zertifikate ausstellen.
Andere Zertifikate enthalten laut MIV die Möglichkeit einer Regionalisierung, sodass Mopro nur aus einer definierten betroffenen Region, zum Beispiel Landkreisen, von einem Exportverbot betroffen wären. Der MIV prüft in Abstimmung mit dem Bundeslandwirtschaftsministerium, für welche Länder welche Regelung gilt. Das BMEL will dann versuchen, Sonderregelungen mit den vom Exportstopp betroffenen Zielländern zu erreichen.
Deutschland exportiert laut MIV rund 50% seiner Milch und Milchprodukte. Von diesen gehen etwa 18% in den direkten Export mit Drittländern. Von Januar bis Oktober 2024 exportierte die deutsche Milchwirtschaft 508.000 t abgepackte Milch und Rahm, davon fast 52% in Drittländer. 266.500 t Molkenpulver gingen 266.500 Tonne ins Ausland und davon fast 41% in Nicht-EU-Länder. Bei Vollmilch- und Magermilchpulver waren es bei einer Gesamtausfuhr von 67.800 t sowie 226.700 t rund 35% beziehungsweise ein knappes Drittel.
An Joghurts und Milchmischgetränken, von denen im Betrachtungszeitraum 329.400 bzw. 225.900 t ausgeführt wurden, waren jeweils gut ein Fünftel für Drittstaaten bestimmt. Bei der Kondensmilch waren es 18,5% bei einer Gesamtausfuhr von 252.100 t. Beim Käseexport, der 1,22 Mio. t erreichte, betrug der Anteil der Drittländer 14,5%.
